Darbība notiek Maskavā 1584. gadā un sāk strīdu Bojārska domā: cara Marijas Fedorovnas brālis Mihails Nagojs iestājas par vietu kopā ar Saltykovu un atlikušos bojārus ievelk švārā. Pirmās cara sievas brālis Zakharins-Jurjevs pārtrauc strīdus, runājot par viņu lietas savākšanas nozīmi: Jānis, pēc dēla slepkavības mocīts, nolēma ieņemt klostera pakāpi un uzdeva Dumai izvēlēties pēcteci. Tikmēr "ienaidnieki cīnās ar Krieviju no visām pusēm", tajā ir sērga un bads. Kņazs Mstislavskis savā lēmumā runā par ķēniņa stingrību. Nagoja piedāvā jauno Dmitriju Tsareviču ar karalieni un, ja nepieciešams, “valdnieku”, pie kura viņš ir gatavs būt; Sitsky - Zakharyin, kurš pats neko nav krāsojis. Zakharyin runā par Ivanu Petroviču Shuisky, kurš tagad sēž aplenktajā Pleskavā.
Tomēr karalis ir vajadzīgs nekavējoties. Zakharyin lūdz Godunovam padomu, kurš nefiksēja vietas un kurš pieticīgi apsēdās zemāk. Viņš sīki aprakstīja valsts neapskaužamo stāvokli, runā par karaļa mainīšanas neiespējamību šādā laikā un aicina bojārus lūgt Jāni palikt tronī. Sitskis, atceroties cara zvērības, veltīgi cenšas apturēt bojārus. Viņi dodas pie cara, pa ceļam izlemjot, kurš runās, un kautrīgas suverēnas dusmas. Godunovs uzņemas risku. Džons, jau ģērbies melnā kazakā, noņēmis Monomaka cepuri, guļamistabā gaida jātnieku lēmumu un žēlojas par pēdējā nelieša atcerēšanos. No Pleskavas ierodas kurjers, kuru cara sākumā atsaucas uz “jauno kungu”, bet pēc tam, dzirdot, ka ziņas ir priecīgas, dzird stāstu par uzbrukumu atspoguļojumu un Batūra atkāpšanos no Pleskavas. Viņš saņem Kurbska vēstuli, kurā viņš ar neveiklu zilbi pārmet caram, draud ar ātru Pleskavas sagūstīšanu, daudzas Jāņa zvērības sauc par viņa pašreizējo sakāves iemeslu un briesmīgi atgādina par viņa aiziešanu no biznesa. Džons nonāk niknumā, jo, iznīcinājis visus Kurbska radiniekus, viņš ir bezspēcīgs, lai ikvienam uzliktu uzmācību. Nāk bojāri, kurus karalis satiek lielā aizkaitinājumā. Noklausījies īsu Godunova runu, viņš uzliek Monomakhova cepuri, pārmetot bojāriem, kuri viņu piespieda to darīt, un noskūpsta Godunovu, kurš izteica drosmīgas un nepieklājīgas runas “valsts labā”. Sitska prombūtne nepaliek nepamanīta, un cars, negribēdams ieklausīties starpniekiem, izdod rīkojumu.
Godun karaliskajās kamerās Zakharyin gaida Jāni, un Godunov saka, ka karalis, gribēdams šķirties no karalienes, bildina Anglijas karalienes brāļameitu. Sašutums Zakharyin jautā, kā Godunovs mēģināja atrunāt Jāni, un saņem atbildi, ka viņš var ietekmēt Jāni tikai apļveida veidā. Ienāk Jānis un ziņo par nemieriem Polijas karaspēkā netālu no Pleskavas un par cerībām uz vēstnieku no Varšavas, kurš, viņaprāt, tiks nosūtīts lūgt mieru. Viņš pavēl Zakharyin informēt cilvēkus par šo ziņu. Viņš stāsta Godunovam, lai pārrunātu ar Anglijas vēstnieku gaidāmās laulības nosacījumus. Viņš mēģina aizstāt karalieni un saņem dusmīgu pārmetumu, pilns ar draudiem. Palicis viens pats, Godunovs pārmet sevi par izrādīto laipnību un atsakās dot priekšroku sirdsapziņai, nevis cēloņam. Vasilija Ivanoviča Šuiskija mājā bojāri Mstislavskis, Beļskis un brāļi Nagojas vēlas iznīcināt Godunovu. Viņi, izmantojot cilvēku kairinājumu, nolemj vainot visas nepatikšanas Godunovam, un Šuiskijs piedāvā Mihailam Bityagovskim izpildīt plānu. Viņš apņemas nemierniekus sacīt un mudina viņu nogalināt. Beļskis ierosina nosūtīt Prokofiju Kikinu par to pašu. Nāk Godunovs. Viesi steigšus izklīst. Godunovs sūdzas Šuiskim, ka viņš nav mīlēts domē, Šuiskijs viņam apliecina izturēšanos un atbalstu un pamet, kuru pēkšņi uzaicināja cars. Vienu reizi ar Bityagovski atstātais Godunovs atklāj pilnīgu iepazīšanos ar viņa nodomiem un, piedraudot viņam ar vēl nepieredzētām nāvessodām, nosūta viņu uz tiem pašiem laukumiem, lai pārliecinātu tautu pret Šuiskiju un Beļski, kuri vēlas “saindēt karali ar indēm”.
Tikmēr cariene neliecina carienes mātei ļaut kādam citam nākt pie viņa, un it īpaši Godunovam, viņa uzticas tikai Ņikitai Romanovičai Zakharyin. Nāk Zakharyin. Karaliene stāsta viņam par pilī esošajām baumām un jautā, vai viņas aizdomas neatbilst patiesībai, ka karalis vēlas viņu pamest kopā ar Demetriusu. Zakharyin lūdz viņu būt gatavam uz visu, cars nestrīdēties un neuzticēties Godunovam. Džons nāk kopā ar Godunovu un, gaidot karalienes pārģērbšanos, noklausās Anglijas vēstnieka nosacījumus un jautā par poļiem, kuri ieradās pēc Garaburda, domājot par to, kādas zemes Polija sola mieru, un nevēlas ieklausīties bailēs par šīs vēstniecības mērķi.Iestājusies karaliene paziņo par gaidāmo šķiršanos. tonizēts, Dimitri sola UGLICH mantojumu un, uzklausījis Zakharyin aizlūgumu, draud viņam ar nāvessodu. Troņa palātā Jānis uzņem Polijas vēstnieku Garaburdā. Batūra prasības ir tik pazemojošas (izvest Smoļensku, Polocku, Novgorodu un Pleskavu no Livonijas pulka un atdot Polijai Poliju), ka ar vispārēju murmu cars nonāk dusmās un, izdzirdējis Polijas karaļa ielūgumu cīņas mākslai, gatavojas medīt savu vēstnieku ar suņiem un mētāt viņu cirvis. Garaburda atzīmē, ka Džons nezina ziņas par krievu pulku sagraušanu uz robežas, par zviedriem, kas ieņem Narovu, un viņu kopīgo kampaņu ar Baturu Novgorodā, un, apsolījis Jānim tikšanos ar karali Maskavā, pamet. Ienākošais Godunovs apstiprina visus Garaburdas vēstījumus, bet cars pavēl pakārt viltus vēstnešus un kalpot uzvarošās lūgšanās visās draudzēs.
Laukumā Zamoskvorechjē noliktavas priekšā uztraucas pūlis, kas ir sašutis par maizes cenu, tiesu izpildītāji ņem kukuļus un par to, ka karalis neizpilda likumpārkāpējus. Parādās Kikins, ģērbies kā svešinieks, vaino Godunovu un atsaucas uz Dieva zīmi “asiņaina, astes zvaigzne”. Viņš saka, ka redzējis brīnumu Kijevā: Sofijas krustu uz uguns un balsi, kas aicina celties Godunovam. Tiek dzirdētas balsis Godunova aizstāvībai, balsis, kas aicina pārspēt aizstāvjus, un, visbeidzot, Bityagovska balss, kurš kaftānā ir plaši atvērts ar izdzēstu dziesmu uz lūpām. Viņš saka, ka Šuiskijs un Beļskis gatavojās saindēt karali, bet Godunovs saindēto kūku iemeta sunim. Kad Bityagovskis ir sašutis par klejotāju, kurš ir redzējis brīnumu, viņš viņu sauc pēc vārda un saka, ka viņš tika nosūtīts mērķtiecīgi. Parādās Grigorijs Godunovs, kurš paziņo, ka Boriss Godunovs pērk visus krājumus no savas kases un rīt tos izdalīs bezskaidrā naudā. Tauta steidzas uz Kikinu. Karaliskajās kamerās karaliene, Godunova māsa Irina un viņa sieva Marija skatās uz komētu. Karalis skatās uz viņu no lieveņa. Gudrie vīri un burvji tika atvesti izdomāt, kam paredzēta komēta. Parādās Džons un paziņo, ka viņš saprata zīmi: komēta paziņo par viņa nāvi. Viņš lūdz karalienei piedošanu un, vēloties precīzi zināt nāves laiku, lai nenomirtu bez nožēlošanas, aicina magu. Viņi sauc Kirilina dienu. Pēc cara Godunova lūguma viņš lasa sinodiku, kur uzskaitīti viņa upuri, Jānis papildina sarakstu. Sulainis ierodas no Slobodas ar ziņojumu, ka ziemas dienā pili nodedzināja zibens spēriens. Sakratīts, Džons lūdz visiem piedošanu, kaislīgi lūdzas un jautā Fedoram, kā viņš grasās valdīt, bet Fjodors lūdz likt karaļvalstij kādu citu. Viņi atnes divas vēstules: par Hanas tuvošanos Maskavai un sacelšanos ap Kazaņu. Viņi atved schemnik, kurš trīsdesmit gadus ir dzīvojis nošķirtībā. Jānis, atstāts vienatnē ar viņu, runā par nelaimēm, kas skar Krieviju, un lūdz padomu. Shematisks izsauc daudzus cilvēkus, kuri spēj izturēt ienaidnieku - viņus visus iznīcina karalis. Viņš runā par princi, bet princis ir miris. Vadījis shēmotāju, Jānis piespiež Mstislavska, Belska, Zakharina un Godunova zvērus skūpstīt krustu, lai viņi kalpotu Fjodoram, un piektais ieceļ Ivanu Petroviču Šuiskiju, ja viņš izdzīvo netālu no Pleskavas. Viņš sūta vēstniekus uz Lietuvu, lai noslēgtu mieru ar Batūru viszemākajos apstākļos, uzskatot, ka pēc viņa nāves Batūrs prasīs vēl vairāk, un vēloties ar savu nedzirdēto pazemojumu izpirkt grēkus.
Kirilā karaļa diena ir labāka. Godunovs slepeni sauc raganas, un viņi saka, ka diena vēl nav beigusies. Godunovu prognozē imperatora tronis, tiek pieminētas trīs zvaigznes, kas viņu šķir no zvaigznes diženuma un viņa galvenā noslēpumainā pretinieka (“vājš, bet spēcīgs - nevainīgs, bet vainīgs - nevis pats”, “nogalināts, bet dzīvs”). Ierodās doktors Džeikobi, atbildot uz Godunovu, ka cars ir jāaizsargā no kairinājuma, un šo Beļski sauca par bufoniem. Godunovs pieņem Bityagovski un uzzina, ka tauta ir satracināta pret Šuiskiju un Beļski. Tikmēr Džons pārbauda dārgumus, meklē dāvanas Anglijas karalienei un līgavai, pie karaļa vērpjas jesters, kaimiņu kamerās esošie bufoni gaida zīmi. Nākamajā dienā cars ieceļ nāves sodu izpildi un nosūta Borisu, lai tas viņiem paziņo. Viņš ir triumfējošs, bet aizdomīgs un pakļauts kairinājumam; Apsēdies spēlējot šahu ar Beļski, nomet karali. Godunovs atgriežas un, vadījis ķēniņu neprātā ar jēgpilnu klusēšanu, paziņo magi atbildi, ka viņu zinātne ir uzticama un Kirillins vēl nav pagājis pa dienu. Dusmās Džons sauc Godunovu par nodevēju, apsūdz viņu par dzīvības mēģinājumu, izsauc izpildītājus un nokrīt. Vispārējs apjukums. Karalis kļūdaini sauc konfesiju, bojāri - ārsti kļūdaini vada bufonus. Jānis mirst. Laukumā esošie cilvēki kliedz, ka karali uzmācās Šuiskijs un Belšijs, un apbēdinātais Fjodors uztic paskaidrojumus Godunovam. Godunovs sūta bojārus trimdā, Mstislavski, kuru kopā ar Nagy, Bityagovsky apsūdz nemieros, uz klosteri, Nagih - uz UGLICH kopā ar Caricu un Demetriusu. Fjodors, šņukstēdams, apskauj Godunovu. Laukuma cilvēki slavē abus.
