Ivana Petroviča Šuiskija mājā, daudzu garīdznieku un dažu bojaru klātbūtnē, viņi nolemj šķirties no Fjodora Ioannoviča ar carieni, Godunovas māsu, kurai pateicoties visu uzskatu dēļ Boriss tiek turēts. Viņi veido papīru, kurā, atceroties karalienes neauglību un Demetrius zīdaiņa laiku, lūdz ķēniņu noslēgt jaunu laulību. Golovins māca Šuiskim par iespēju likt Demetriusu Fjodora vietā, bet saņem pakaļgala rāvienu. Princese Mstislavskaja ved viesus apkārt, dzer Fjodora veselību. Šakovskis, Mstislavskajas līgavainis, mača meistars Volokovs sauc par slepenās tikšanās vietu. Ivans Petrovičs nosūta petīciju Metropolitan, žēlojoties par nepieciešamību iznīcināt karalieni. Viņa virssulainis Fedjuks Starkovs ziņo par redzēto Godunovu. Saņēmis no Uglich informāciju par Golovina attiecībām ar Nagimi un redzējis draudus viņa varai, viņš paziņo saviem atbalstītājiem Lup-Kleshnin un Prince Turenin par lēmumu samierināties ar Shuisky. Ierodās Fjodors, sūdzoties par iespiestu zirgu. Parādās cara Irina, kuru Fjodors kļūdaini ziņo par Mstislavskajas skaistumu, kuru viņš redzēja baznīcā, un uzreiz apliecina, ka Tsarina ir skaistāka par viņu nekā visi pārējie. Godunovs runā par vēlmi samierināties ar Šuiskiju, un cars ar prieku uzņemas šo lietu.
Fjodors paziņo par nodomu saskaņot Godunovu ar Šuiskiju un lūdz palīdzību no metropolīta Dionīsija un citiem garīdzniekiem. Dionīsijs apsūdz Godunovu par baznīcas apspiešanu, saudzīgu pret ķeceriem un nodokļu iekasēšanas atsākšanu, no kuras baznīca tika atbrīvota. Godunovs viņam pasniedz aizsargājošas vēstules un ziņojumus par ķecerības vajāšanu. Karalis lūdz atbalstu no Irinas un bojariem. Tautas entuziasma pavadībā ierodas Ivans Petrovičs Šuiskijs. Fjodors viņam pārmet, ka viņš nav apmeklējis domi, Šuiskiju attur no neiespējamības dot piekrišanu Godunovam. Fjodors, atceroties Rakstus un aicinot garīdzniekus uz lieciniekiem, runā par izlīguma priekšrocībām, un viņam paklausīgais Godunovs piedāvā Šuiskija piekrišanu. Šuiskijs pārmet viņam, ka viņš nevēlas dalīties valsts kontrolē, kuru Jānis novēlēja pieciem bojāriem: Zakharyin (miris), Mstislavsky (spēcīgi tonizēts), Belsky (trimdā), Godunov un Shuisky. Godunovs, attaisnojot sevi, runā par Šuiskija augstprātību, ka viņš ir izmantojis vienīgo varu Krievijas labā, ko arī pierāda; viņš piebilst, ka grūtais uzdevums sakārtot neapmierināto stāvokli bija tikai Šuškijam. Kad Ivans Petrovičs izsauc savu atbalstītāju par metropolītu, viņš ziņo par Godunova rīcību par labu baznīcai un pārliecina Šuiskiju pie miera. Irina, parādot savu izšūto Pleskavas svētnīcas segumu, atzīst, ka tas ir viņas lūgšanas solījums Šuiskijas glābšanai, ko savulaik lietuvieši aplenca Pleskavā. Satraukts Šuiskijs ir gatavs aizmirst veco ienaidnieku, bet prasa no Godunova drošības garantijas saviem līdzgaitniekiem. Godunovs zvēr un skūpsta krustu. Viņi ielūdz ievēlētos no Shuisky atvestās pūļa. Fjodors runā ar sirmgalvi un nezina, kā viņu apturēt, brāļadēvē atpazīst tirgotāju Krasilņikovu, kurš viņu nesen uzjautrināja ar lāča cīņu, atgādina savu brāli Golubu, kurš Šahovska pieveica dūrēs - Godunovam un Šuiskijam uzreiz neizdevās atgriezt caru pie tā, pie kura tika aicināti vēlētāji. . Šuiskijs paziņo par izlīgumu ar Godunovu, tirgotāji ir noraizējušies (“Tu izlīgsti mūsu galvas”), Šuiskiju kaitina neuzticēšanās personai, kura tikko ir zvērējusi pie krusta. Tirgotāji lūdz aizsardzību no karaļa Godunova, bet viņš tos nosūta Borisam. Boriss mierīgi pavēl pierakstīt tirgotāju vārdus.
Naktī Šuiskijas princeses Mstislavskajas un Vasilisa Volokhova dārzā gaida Šakovski. Viņš nāk, runā par mīlestību, par nepacietību, ar kuru kāzas sagaida, viņu smejas un jokojas. Krasilņikovs nāk skriet, ielaižot iekšā, Šahovskis slēpjas, prasa Ivanu Petroviču un ziņo, ka visi, kas bija kopā ar caru, tika sagūstīti pēc Godunova pavēles. Satriekts Šuiskijs pavēl Maskavai pacelties pie Godunova. Saņēmis mājienu par Dimitriju Golovinu, viņš pēkšņi atslēdzas un, paziņojot, ka Boriss ir pievīlis maldināšanā, dodas pie cara. Tikmēr atlikušie bojāri apspriež lūgumrakstu, meklējot jaunu karalieni. Vasilijs Šuiskijs zvana princesei Mstislavskajai. Viņas brālis uzreiz neizlēma, gribēdams atrast vismaz iemeslu strīdam ar Šakovski. Kamēr viņš vilcinās, Golovins petīcijā raksta princeses vārdu. Parādās Šahovskaja, paziņojot, ka neatsakās no līgavas. Tiek atrasta arī princese un Volokhova. Ar vispārēju saucienu, savstarpējiem draudiem un pārmetumiem Šahovskaja satver vēstuli un aizbēg. Godunovs uzrāda cara valsts dokumentus, kuru saturā viņš neiedziļinās, bet piekrīt Borisa lēmumiem. Tsarina Irina runā par Dowager karalienes Uglich vēstuli ar lūgumu atgriezties kopā ar Dimitri uz Maskavu. Fjodors lietu uzticēja Borisam, bet Irina pieprasīja no viņa "ģimenes lietu" risinājumu; Fjodors strīdas ar Borisu un viņu kaitina viņa izturība. Atnāk Šuiskijs, sūdzas par Godunovu. Viņš neatbloķē, paskaidrojot, ka tirgotāji netika ņemti pagātnes dēļ, bet gan tāpēc, lai mēģinātu izjaukt pasauli starp viņu un Šuiskiju. Cars ir gatavs piedot Godunovam, uzskatot, ka viņi vienkārši nesaprata viens otru, bet nerimstošais pieprasījums atstāt princi Uglichā beidzot ir dusmīgs uz caru. Godunovs saka, ka dod ceļu Šuiskij, Fjodors lūdz viņu palikt, Šuiskijs, cara izturēšanās ievainots, aiziet. Koļesņins atnes Golovina Nagim vēstuli, kas nosūtīta no Uglich, Godunov to parāda caram, pieprasot, lai Šuiskijs tiktu apcietināts un, iespējams, izpildīts. Neveiksmes gadījumā viņš draud pamest. Šoks Fjodors pēc ilgas vilcināšanās atsakās no Godunova pakalpojumiem.
Ivans Petrovičs Šuiskijs mierina princesi Mstislavskaju: viņš neļaus viņai precēties ar caru un cer, ka Šahovskaja viņus neinformēs. Nosūtījis princesi, viņš pieņem bojārus un bēgļus Krasilņikovu un Balodi un, pieņemot nabadzīgā Fjodora aizvešanu un Demetriusu iesaisti, nosaka ikviena uzdevumus. Mājās sēdošais atsvešinātais Godunovs jautā Kleshninam par Volokhovu un daudzkārt atkārto, “lai viņa palaistu princi”. Koļesņins nosūta Volokhovu UGLICH jaunajai mātei, pavēl viņu aizsargāt un norāda, ka gadījumā, ja princis, kas cieš no nelobīta paša, nogalinās sevi, viņi viņai to nelūgs. Tikmēr Fjodors nevar izdomāt viņam iesniegtos dokumentus. Kleshnins ierodas un ziņo, ka Boriss saslima ar neapmierinātību, un Šuiskijs nekavējoties jāieslodza par nodomu pacelt Demetriusu uz troni. Fjodors netic. Ienāk Šuiskijs, kuram Fjodors runā par denonsēšanu un lūdz viņu attaisnot. Princis atsakās, karalis uzstāj, Kleshnin uzstāj. Šuiskijs atzīstas dumpī. Fjodors, nobijies, ka Godunovs sodīs Šuiskiju par nodevību, paziņo, ka viņš pats pavēlēja likt princi tronī, un izstumj šokēto Šuiskiju no istabas. Šakovskaja iesprūst karaļa palātās un lūdz atgriezt līgavu pie viņa. Fjodors, redzējis Ivana Petroviča Šuiskija parakstu, raud un neklausa Irinas argumentus par papīra absurdu. Aizsargādams Irinu no apvainojumiem, viņš paraksta Borisovas pavēli, nobiedējot gan viņu, gan Šakovski. Uz tilta pār upi vecais vīrs satricina cilvēkus par Šuiskiju, husārs dzied par savu varenību. Ziņnesis brauc ar ziņām par tatāru progresu. Princis Turenīns ar strēlniekiem ved Šuiskiju cietumā. Cilvēki, padzīti vecā vīra, vēlas atbrīvot Šuiskiju, bet viņš runā par savu vainu "svētā" karaļa priekšā un to, ka viņi ir pelnījuši sodu.
Koļesņins ziņo Godunovam, ka šuiski un viņu atbalstītāji ir ieslodzīti, un iepazīstina ar Vasiliju Ivanoviču Šuiskiju. Viņš pagriež lietu tā, it kā būtu sācis lūgumrakstu Godunova labā. Saprotot, ka Šuiskijs ir viņa rokās, Godunovs ļauj viņam iet. Cara Irina ierodas intervēt Ivanu Petroviču. Godunovs, saprotot, ka Šuiskijs neapstāsies strīdēties ar viņu, ir nepieklājīgs. Laukumā pie katedrāles ubagi runā par izmaiņām metropolītā, kurš ir iebilstams pret Godunovu, par to tirgotāju izpildīšanu, kuri stāvēja aiz Šuiskij. Cara Irina vedina Mstislavskaju lūgt Šuiskiju. Fjodors iznāk no katedrāles, kalpodams cara Ivana rekviēmam. Princese steidzas pie viņa kājām. Fjodors sūta princi Turenīnu par Šuiskiju. Bet Turenins ziņo, ka Šuiskijs naktī nožņaudzās, vaino sevi par novārtā atstāšanu (jo viņš sita no pūļa, kuru uz cietumu atveda Šakovskis, un pieveica, tikai nošaujot Šakovski). Fjodors steidzas pie Turenīna, apsūdzot viņu Šuiskija nogalināšanā, un draud viņam ar nāvessodu. Kurjers atnes Uglich vēstuli par prinča nāvi. Satriekts karalis vēlas pats uzzināt patiesību. Tur nāk ziņa par Khanas pieeju un agrīno Maskavas aplenkumu. Godunovs piedāvā nosūtīt Koļesņinu un Vasiliju Šuiskiju, un Fjodors ir pārliecināts par Godunova nevainību. Princese Mstislavskaja saka, ka viņa plāno iegūt matus. Fjodors pēc sievas ieteikuma gatavojas visu valdības nastu nodot Borisam un, atceroties nodomu “vienoties par visu, visu izlīdzināt”, apraud viņa likteni un karalisko pienākumu.
