Borisova kāzu dienā līdz tronim jātnieki aprēķina viņa valdīšanas augļus: apspiesto sērgu, pabeigtos karus un ražu. Viņi ir pārsteigti par to, cik ilgi Godunovam vajadzēja pārliecināt viņu pārņemt varu, un tikai ekskomunikācijas draudi viņu piespieda to darīt. Boriss atgriežas no katedrāles, plānojot pieņemt vēstniekus. Voeikovs paziņo par uzvaru pār Sibīrijas kenu. Anglijas vēstnieks piedāvā līgavu Tsarevičam Fedoram; pāvesta nuncijs - vienošanās par baznīcu apvienošanu; Austrijas, Lietuvas, Zviedrijas, Florences vēstnieki ar cieņu lūdz palīdzību pēc naudas vai karaspēka, kas atzīst viņu īpašumus. Persijas un Turcijas vēstnieki apsūdz viens otru par uzbrukumu Ibērijai, Ibērijas karaļa vēstnieks lūdz aizsardzību. Cars visiem sniedz atbilstošu, cieņas un izturības pilnu atbildi un pavēl visiem tikt ielaistiem karaļa palātās (“Starp krievu tautu un caru nav barjeru!”). Palicis viens, Boriss triumfē un, atceroties prinča nāvi, nolemj: tad neizbēgama cena par valsts diženumu. Drīz pēc tam, gaidot klostera kamerā, lai Irina nogrieztu matus, Boriss klausās Semjona Godunova ziņojumus Romanoviem, kuri ir neapmierināti ar Svētā Georga dienas atcelšanu; pret Vasiliju Šuiskiju, veiklu un neuzticamu kalpu, taču pārliecināts par saviem spēkiem, viņš nevēlas nevienu sodīt. Parādās Irina, un Boriss, atgādinot par viņa atvaļinājumiem ceļā uz varu, lūdz viņu attaisnot un atzīt, ka Krievijas labklājība ir tā patiesības vērta, ar kuras palīdzību viņš kļuva par karali. Irina, apstiprinot savu valstību, pieprasa, lai viņš neaizmirst par savu vainu un nepiedotu sev. Katru atstājot ar savu, viņi dalās.
Pilī Borisa, Fjodora un Ksenijas bērni klausās Kristiāna, Dānijas hercoga, Ksenijas līgavas stāstus - par skarbo bērnību, par atgriešanos tiesā, par kaujām Flandrijā ar Spānijas karaspēku, bet, kad Fjodors sūdzas par viņa dīkstāvi, kristietis pamana, ka viņa amats, kas ļauj viņam mācīties valdīt gudrā suverēnā valdībā, ir daudz cienīgāks. Kristians stāsta, kā viņš mīlējis Kseniju pēc vēstnieku, tirgotāju un ieslodzīto stāstiem, kuri līdz ar Krievijas varenību pagodinājuši princeses skaistumu, saprātu un lēnprātību. Viņi sāk runāt par Borisu, un visi vienojas mīlestībā pret caru, kurš aizmirst sevi par valsts slavu un labklājību. Visi trīs zvēr viens otram palīdzēt. Kristians lūdz Borisu, kurš kara gadījumā ienāca, ļaut vadīt Krievijas karaspēku, bet caru attur daudzu gadu miers. Bērni aiziet, un ieradies Semjons Godunovs paziņo par baumu par brīnišķīgi izglābto princi Dimitriju. Savās kamerās cariene Marija Grigorjevna jautā ierēdnim Vlasjevam par kristieti un neatkarīgi no tā, cik Džuljeta Vlašjeva ir noskaidrota, bija sajūta, ka karalis nebija viņa tēvs, un vecākais brālis, kurš tagad valda, viņam nepatīk. Neuzdodot ierēdņa solījumu liecināt par Borisu, viņa piezvana Dementjevnai un ar aizvien lielāku aizkaitinājumu uzzina, ka Ksenija sēdēja kopā ar savu brāli un līgavaini, un cars atzinīgi vērtē jaunās paražas. Tsarina, kas ieradās pie Volokhova, sūdzas, ka Boriss satvēra Kseniju vāciešiem, neprasot viņu, un vācieši, acīmredzot, ieslēdza princesi. Volokovs apņemas nodot to, kas ir kristieša spēks, un to sasmalcināt (“Ir tāda sakne”). Mežā, laupītāju nometnē, Atamans Khlopko pieņem jaunu zemnieku papildināšanu, nolādējot Borisu un atceļot Svētā Jura dienu. Parādās Posadsky, kurš bez bailēm pieprasa atbrīvot savus kompanjonus, kurus uz Maskavas ceļa sagūstījis laupītāja kontrolieris, un ziņo patiesās ziņas par Tsarevich Dimitri parādīšanos. Posadsky pieveic Klopu, lai dotos uz Brjansku, un tur, satracinājis Tsareviča karaspēku, viņš saņem piedošanu un cīnās ar Godunovu. Parādās Mitka, velkot divus bēguļojošos mūkus - Mihailu Povadinu un Griška Otrepjevu, kuri lūdz pievienoties kokvilnas armijai. Kad Posadskis, uzjautrinājis laupītājus, cīnoties ar Mitku un pavēlēdams izmest mucas vīna, pēkšņi pazūd, izrādās, ka mūki, kas ar viņu staigāja, nezina, kas viņš ir.
Boriss ir spiests atzīt, ka jauna ienaidnieka parādīšanās virzīja viņu uz asiņainā ceļa. Semjons Godunovs, kuram uzdots noskaidrot, kurš slēpjas aiz Demetrius vārda, saka, ka viņš neko nezināja uz spīdzināšanas rēķina. Viņi meklē bēguļojošo brīnumu mūku Griška Otrepjeva vārdu, lai kaut kā pārdēvētu ienaidnieku. Boriss pavēl pavairot spiegus un atrast pierādījumus par Romanoviem un turklāt pastāvīgā bada dēļ nodot cilvēkiem kasi, pavēlēdams viņam neklausīt pasakas par princi. Tsarevičs Fjodors lūdz viņu nosūtīt karaspēkā, Tsarevna Ksenia apraud Borisa maiņu un viņa nežēlību; Kristietis jautā, vai Boriss ir pārliecināts par Tsareviča nāvi, un stāsta baumas. Bērni aizbrauc, parādās karaliene, pilna kaustiskuma un aizkaitinājuma pie kristieša, kopā ar bērniem interpretējot par “karali”. Karaliste paliek nedzirdīga pret viņas prasību sūtīt kristieti prom. Semjons Godunovs ziņo par nodevēju ātro progresu, par karaspēka nodošanu viņiem un par spītīgo Basmanova pretošanos. Vasilijs Šuiskijs piedāvā Borisam pašam doties uz karaspēku vai nosūtīt pļāvēja karalieni liecināt par dēla nāvi. Pasūtījis Šuiskim saplēst valodas tiem, kas izplatīja baumas, Boriss nosūta Dimitriju mātei. Fjodora Ņikitiča Romanova mājā bojāri Romanovs, Sitsky, Repnin un Cherkassky dzer princim. Šuiskijs ierodas, ziņo par Borisa pasūtījumu, tiek nopratināts par viņa meklēšanu Uglichā, viņš neskaidri atbild. Semjons Godunovs ar strēlniekiem, apsūdzot auditoriju vēlēšanās saindēt suverēnu ar indēm, ņem visus apcietinājumā, pārrunājot Vasiliju Šuiskiju, lai veiktu pratināšanu. Boriss, pārdomājot vien piepildīto pareģojumu (“nogalināts, bet dzīvs”), kurš ieradās Šuiskī, pavēlēja paziņot no priekšējās puses, ka viņš pats ir redzējis cara līķi Uglichā. Tikmēr padomnieki spiež pie Kristiāna, skaidrojot, ka viņam vajadzētu atteikties precēties ar Kseniju, ka Boriss ir nodevis sevi ar bailēm, ka Ksenija ir nelieša meita un kalps. Kristians, jūtot tuvojošos vieglprātību, ticot Borisa vainai, nezina, par ko izlemt. Ksenija nāk, un viņš, sajaukts vārdos un domās, runā par neizbēgamo atdalīšanos un tad aicina viņu aizbēgt no viņa no slepkavas tēva. Fjodors, kurš mierīgi ienācis, pieceļas sava tēva priekšā, viņi gatavojas cīnīties, Ksenija, raudot, atgādina par zvērestu, kas dots viens otram. Kristians murgo, un, uzskatot viņu par slimu, Ksenija un Fjodors viņu ved prom.
Sarkanajā laukumā detektīvi klausās sarunas starp cilvēkiem, kas dodas prom no Tsarevich Dimitri pieprasījuma (tur tika pasludināta Griškas anatēma). Provocējot, interpretējot runu viņiem piemērotā veidā, detektīvi satver gandrīz visus pēc kārtas. Vasilijs Šuiskijs no nāvessoda izpildes vietas izsaka neviennozīmīgu runu par ienaidnieku, kurš virzās uz priekšu, un runā par kratīšanu Uličā, lai paliek neskaidrs, kurš bija noslepkavotais zīdainis. Apmēram šajā laikā prinča māte, kuru atveda no klostera, tagad ir mūķene Marta, gaidot Borisu un gribot atriebību, nolemj atzīt imponētāju par dēlu; viņa saka, ka neredzēja savu mirušo dēlu, zaudējusi jūtas, un piemiņas dievkalpojumā asaras aizklāja acis. Tagad, uzzinājis par parādītajām Tsareviča pazīmēm, viņš atzīst, ka viņš brīnumainā kārtā ir izglābts un dzīvs. Cariskā Marija Marija Grigorjevna, vēloties notiesāt par krāpšanos, iepazīstina ar Volokovu. Bēdas, kas satvēra Martu viņas dēla slepkavas redzeslokā, viņu nodevās, taču viņa atsakās publiski atzīt Demetrius nāvi. Drīz ārsts Borisam ziņo par kristieša veselības pasliktināšanos un par viņa bezspēcību. Semjons Godunovs atnes Dimitrija Ioannoviča vēstuli, kurā Borisu visvairāk nomāc apsolītā žēlastība, ja tronis tiek labprātīgi atcelts, un tāpēc zagļa uzticība vispārējam atbalstam. Boriss pieprasa atvest īsspalvaino Kleshnin, lai būtu pārliecināts par prinča nāvi. Viņa vārds ir kristietis, un viņš drīz informē Kseniju un Fjodoru par savu nāvi.
Divi sentri, kas troņa kamerā nes nakts apsardzi, slēpjas bailēs, kad parādās negulētais Boriss. Kāds iedomājas kāda cilvēka attēlu tronī, un, atrodot sūtījumus, viņš tos nosūta, lai pārbaudītu, kas tur sēž. Semjons Godunovs atved Koļesņinu, kurš apstiprina Demetriusa nāvi, atgādina, ka Borgova valdīšanas termiņš, ko paredzējuši Magi, tuvojas beigām, aicina viņu nožēlot grēkus un aiziet uz klosteri. No rīta, saņemot no Basmanova, kurš ieradās, informāciju par daļēju uzvaru pār “zagli”, Boriss stāsta Fjodoram par nepieciešamību apprecēties ar troni un par zvērestu, pie kura tiks nodoti bojāri. Fjodors atsakās no troņa, jo viņš nav pārliecināts, ka "zaglis" nav Demetrijs. Boriss jēgpilni piedāvā Fedoram uzrādīt nenoliedzamus Tsareviča nāves pierādījumus, un viņš, sapratis tēva noziegumu, šausmās atsakās no pierādījumiem un paziņo, ka pieņems vainagu. Ēdamistabā, gaidot Basmanovu un caru, bojāri lāsta abus un apmainās ar ziņām par "princi". Basmanovs ieiet, sūdzoties par viņa nepiemēroto ekskomunikāciju. Boriss parādās kopā ar bērniem. Boriss apbalvo Basmanovu. Bojāri, atzīmējot Ksenijas skumjas, viņu žēlo un domā, ko ar viņu darīt, "kad viņš ierodas valstībā". Boriss pieprasa uzticības zvērestu Fjodoram un šī zvēresta apstiprināšanu katedrālē, zaudē spēku un nokrīt. Ar vispārēju apjukumu viņš paziņo, ka viņa nāves cēlonis nav inde, bet bēdas, nodošana bojariem, lai viņi turētu zvērestu, atgādina, ka “no ļaunuma piedzims tikai ļaunums”, un, pasludinājis karali Fedoru, aiziet
