: Kaija vēlas savu dzīvi pavadīt nevis ēdiena meklējumos, bet gan lidojuma izprašanā. Izraidīts no pakas, viņš mirst un sasniedz pilnību debesīs. Upurējot debesu dzīvi, viņa atgriežas, lai mācītu radinieku lidojumu.
Pirmā daļa
No zvejas kuģa tiek izmests tīkls ar ēsmu, un lido kaija, lai “viltīgi vai ar spēku iegūtu pārtikas drupatas”. Tikai viens kaija vārdā Džonatans Livingstons treniņlidojumus veic viens pats. Džonatans pārkāpj visus nerakstītos Paku likumus - karājas gaisā, zemu lido virs ūdens un attīsta milzīgu ātrumu. Viņš cenšas pilnveidot savas lidošanas prasmes.
Džonatans atstāj novārtā galveno kaiju nodarbošanos - pārtikas ieguvi. Viņa vecāki ir noraizējušies, jo no viņu dēla "palika spalvas un kauli". Pēc pārliecināšanas paklausīšanas Džonatans dzīvo nedēļu tāpat kā pārējie kaijas, bet tad viņš saprot šādas eksistences bezjēdzību un atgriežas apmācībā. Nākamās nedēļas laikā viņš iemācās lidot ar lielu ātrumu, bet no tā nekas nenāk.
Kādu dienu, strauji nokāpjot no liela augstuma, Džonatans spēcīgi triecas ūdenī un noģībst. Atgūstoties, viņš dzird balsi sakot, ka Džonatans ir tikai kaija, nevis dzimis ātrgaitas lidojumiem.Viņš nolemj safasēt un atgriezties Packā, bet mājupceļā atrod risinājumu: ātrumu var kontrolēt, samazinot spārnu garumu. Aizmirstot par neveiksmi, viņš trenējas un gūst panākumus.
No rīta Džonatans nejauši ietriecas brokastu pulkā, bet viņam izdodas tikt galā. Pēcpusdienā viņam izdodas veikt vairākas aerobatikas. Vakarā pulcējas cits iepakojums. Vecākais saka Jonathanam iet apļa vidū, ko veido kaijas. Tas ir "vai nu lielākais kauns, vai vislielākais gods". Viņš sagaida uzslavu, jo viņam izdevās kaut kas tāds, ko viņa priekšā nebija izdarījusi neviena kaija. Tomēr vecākais nosoda Džonatanu trimdā uz Tālajām klintīm par Kaiju ģimenes cieņas un paražu pārkāpšanu.
Pārējās savas dienas kaija pavada vienatnē. Katru dienu viņš iemācās kaut ko jaunu un iemācās pielietot savas prasmes, nopelnot pārtiku. Viņš nav ilgojies pēc Pack un dzīvo "ilgu laimīgu dzīvi."
Otrā daļa
Džonatans noveco. Reiz pie viņa spārniem parādās divas spīdošas, sniegbaltas kaijas, kuras var lidot ne sliktāk kā viņš. Kaijas saka, ka Džonatans ir no viņu pakas, un viņi viņu sauc par mājām. Paaugstinoties virs mākoņiem, Jonatāns arī kļūst sniega balts un starojošs. Viņš nonāk citā pasaulē un nolemj, ka tās ir debesis, kaiju paradīze. Džonatans sāk aizmirst par savu iepriekšējo dzīvi.
Arī Pack dzīvo šeit. Visi putni nerimstoši trenējas. Viņu mērķis ir sasniegt pilnību. Mentors, Sullivanas sniegbaltā kaija, saka, ka tādi putni kā Jonathan ir retākais izņēmums. Parasti kaijas pārceļas uz citu pasauli, gandrīz nemainoties, tāpēc katra nākamā pasaule nedaudz atšķiras no iepriekšējās.Lai kļūtu par Jonatānu, parastajām kaijām ir jāpārdzīvo desmitiem tūkstošu pasaules un jādzīvo desmitiem tūkstošu cilvēku dzīves. Vecākais Pack paskaidro Jonathanam, ka šī pasaule nepavisam nav debesis, bet debesis "nav vieta un nav laiks ... tas ir pilnības sasniegums". Džonatans tuvosies pilnībai, kad iemācīsies lidot ar domu ātrumu. Vecākais jau zina, kā, un Džonatans lūdz viņu mācīt.
Pēc kāda laika Džonatans saprot, ka viņš ir izveidots perfekts un viņa iespējas ir bezgalīgas. Tas uzreiz pārvietojas uz planētu ar divām saulēm. Tagad Džonatans mācās pārvietoties laikā. Tuvojas diena, kad Vecākā spalvas sāk mirdzēt vēl žilbinoši. Viņš pazūd, pasakot Džonatanam: "Mēģiniet saprast, kas ir mīlestība."
Drīz Džonatans sāk atcerēties savu veco Paku. Viņam šķiet, ka tur varētu būt parādījusies kaija, kas nolemj "izlauzties no sava rakstura važas". Varbūt arī šī kaija tika izraidīta. Džonatans arvien vairāk vēlas atgriezties uz zemes. Ne velti Sulivans viņu atrunā. Vienu lielisku dienu Džonatans atgriežas mājās un atrod Flečera kaiju, kurai tika piespriests izsūtījums. Viņš kļūst par pirmo Džonatana studentu.
Trešā daļa
Fletcher Lind vēlas lidot un kļūst par gandrīz perfektu studentu. Līdz trešā mēneša beigām Džonatanam bija vēl seši studenti, visi seši - “trimdiniekus, kurus aizveda jauna dīvaina ideja: lidot lidošanas prieka dēļ”. Vakaros Džonatans mēģina iemācīt viņiem ideju par vispārēju brīvību, bet dienas laikā izsmelti studenti aizmieg, nedzirdot skolotāju.
Mēnesi vēlāk Džonatans nolemj atgriezties Pack. Lai arī studenti iebilst, viņi lido pie mentora. Vecākie rīkojumi nepievērst uzmanību trimdiniekiem. Kādu laiku Džonatans redz tikai savu līdzcilvēku pelēkās muguras, bet tam nepievērš nekādu nozīmi. Viņš turpina mācīt.
Laika gaitā studenti sāk klausīties Jonathanu tuvāk, un naktī viņus ieskauj jaunas Pack no kaijas - viņi ir arī ieinteresēti noklausīties mentoru. Mēnesi pēc atgriešanās Pack jaunieši sāk pārcelties uz Jonathan. Vienai no kaijām Kirkam Mainardam ir salauzts spārns, bet viņš vēlas lidot un lūdz Džonatana palīdzību. Džonatans viņam saka: "Tu esi brīvs ... un nekas tevi nevar apturēt." Kirks izpleta spārnus un paceļas debesīs pārsteigtā Paka priekšā. Skolēni mentoru sāk uzskatīt par dievu.
Pēc nedēļas notiek nelaime: Fletcher nespēj savaldīties un lielā ātrumā ietriecas granīta klintī. Jau citā pasaulē Džonatans saķer viņu un piedāvā izvēli: palikt šajā līmenī vai atgriezties mājās. Fletčers ir atpakaļ. Redzot, ka viņš nav miris, Pack izlemj, ka Jonathan ir vai nu velns, vai Lielā kaija dēls. Pēc šī atgadījuma Fletčers apgūst tūlītējas kustības.
Drīz Džonatans nolemj, ka Pack viņam vairs nav vajadzīgs. Viņš uzdod Fletcherim: “Turpiniet meklēt sevi, ... katru dienu izmēģiniet vismaz vienu soli tuvāk patiesajam visvarenajam Fletcheram. Viņš ir tavs mentors. ” Tad Džonatana ķermenis sāk spīdēt ar spokainu gaismu, tas kūst gaisā, un Fletčers sāk apmācīt zaļos iesācējus.