Viens japāņu rūpnieks amerikāņu modes ietekmē nolēma sākt veidot atsevišķas atomenerģijas nojumes, taču tās nespēja izveidot masveida ražošanu, un vienīgā uzceltā pajumte tika pamesta. Pēc pieciem gadiem būvniecības uzņēmums, izmantojot bunkuru kā pamatu, uzcēla trīsstāvu ēku, kuras aizmugure atradās blakus nogāzei. Šajā mājā apmetās kāds vīrietis, kurš labprātīgi pameta sabiedrību. Nesenā pagātnē viņš bija slavena politiķa personīgais sekretārs, apprecējās ar meitu un reklamēja atomenerģijas patversmes celtniecības uzņēmumā, kuru kontrolēja viņa vīratēvs.

Bet vienā smalkajā dienā viņš no sievas paņēma piecus gadus vecu dēlu, kuru ārsti uzskatīja par garīgi atpalikušu, un sāka dzīvot kopā ar bērnu kā vientuļnieku patversmē. Viņš pats iecēla advokātu tiem, kurus viņš šajā pasaulē mīlēja visvairāk - kokus un vaļus. Viņš mainīja vārdu, lai uzsvērtu jauno būtību, un sāka sevi saukt par Ooki ("varens koks") Isana ("drosmīgs zivs"). Viņš nodarbojas ar vaļu fotogrāfiju skatīšanos, skatoties pa binokli kokiem, kas aug ārpusē. Lai būtu tuvāk dabai, viņš izveidoja caurumu bunkurā grīdā 30 × 30 centimetrus un ienirst domās, nolikdams kailās kājas uz īstas zemes. Isana līmēja dažādu putnu balsis, un viņa dēls Dzins iemācījās precīzi tos atpazīt: izrādījās, ka zēnam ir neparasti dedzīga dzirde.

Tiklīdz incidents notiek purvainā zemienē, kas ir redzama no patversmes logiem. Jauna meitene pavedina policijas aģentu, un viņas draugi viņam uzbrūk un atņem pistoli. Lai glābtu sevi, aģents izvēlas no uzbrucējiem vājāko un, izdomājis, uzliek roku dzelžā, kamēr viņš uz rokas noklikšķina uz otra roku dzelža. Pusaudži sita aģentu, un zēns mēģina nogriezt roku, lai aizbēgtu. Policijas aģents atslēdz roku dzelzi un aizbēg, un pusaudži ilgu laiku viņam kliedz.

Redzot, ka koki ir pārklāti ar jauniem zaļumiem un ieguvuši pilnīgas drošības sajūtu, Isana, kas ar viņiem ir garīgi saistīta, arī jūtas aizsargāta un atstāj patversmi. Viņš, tāpat kā augi, pamostas no ziemas guļas un meklē izeju enerģijai, kas viņā uzkrājusies. Kopā ar Džinu viņš iekāpj autobusā un dodas uz parku, bet viņi ierodas pārāk vēlu: parks jau ir slēgts un braucieni nedarbojas. Sargs viņus tomēr palaiž garām, un neapdzīvotā parkā viņi satiek agresīvu pusaudžu grupu, no kuriem vienam ir pārsista roka. Isana izjūt neizsakāmas bailes un steidz atgriezties patversmē. Dodoties uz veikalu un atstājot Džinu mājās vienatnē, Isana pārdzīvo arī bailes. Viņam ir murgi naktī. Viņam ir sajūta, ka viņu patversme visu laiku tiek skatīta. Reiz viņš uz mājas sienas atklāj zīmējumu - apli un krustu. Isana krāso blakus šim acu modelim. Viņš satiek meiteni netālu no savas mājas, kas viņam piedāvā gulēt slavenās aktrises ģērbtuvē pamestā kinostudijā, stāvot attālumā no purvainajām zemienēm. Isana neko neatbild un aizbrauc, un naktī dzird pusaudžu tramināšanu uz jumta un uztraucas par Džinu, kura trauslais garīgais līdzsvars tik viegli tiek izjaukts.

Nākamajā dienā Isana skatās caur binokli pie kinostudijas drupām un paviljona logā redz kailu meiteni. Pēkšņi viņš pamana pusaudžu grupu, kas viņu apsūdz spiegošanā. Viņi jautā, kāpēc Isana un Jin šeit dzīvo, nerunājot nevienu. Isana viņiem skaidro, ka viņš ir koku un vaļu advokāts. Piedraudot ar atriebību, pusaudži piespieda Isanu ļaut viņa mājā Zēnam, pusaudzim, kura brūces sāka sabojāt, un Inago, ļoti meitenei, kura ieteica Isanai gulēt pie viņas. Isana dodas uz pacienta zāļu aptieku, kamēr Inago pieskata Džinu. Par Isana pārsteigumu meitene izturas pret bērnu uzmanīgi un uzmanīgi.

Viens no pusaudžiem Takaki stāsta Isanai par Vaļu koku. Būdams bērns, Takaki dzirdēja par viņu, sapņoja par viņu, bet nekad viņu neredzēja. Nosaukums "Vaļu koks" Isanam rada siltu sajūtu, arī viņam sāk šķist, ka šāds koks pastāv. Atgriežoties no aptiekas, Isana nokrīt no velosipēda. Pusaudži smejas, nemaz nedomājot, ka viņš var tikt ievainots. Isana brīnās par viņu nežēlību. Takaki ierodas pie Isanas nozagtā automašīnā un turpina stāstu par Vaļu koku. Pēc dažām dienām Takaki parāda Isana pusaudžu kešatmiņu: viņi apmetās pamestā filmu studijā. Viņi demontēja šoneri, kuru vienam no viņiem vajadzēja apsargāt, pa daļām vilka to uz vienu no paviljoniem, un tur viņi to savāca un sāka pētīt jūrniecības biznesu, lai vēlāk viņi varētu sākt kuģot. Pusaudži ir apvienojušies Brīvo jūrnieku savienībā un dzīvo tepat, aprīkojot kabīnes pagrabā.

Redzot, ka Takaki atveda Isanu, kaujas, kurš gandrīz atguvās un atgriezās pie šonera, vēlas nošaut "šo trako cilvēku": nevienam citam nevajadzētu zināt par viņu kešatmiņu. Isana nebaidās no nāves: Inago tik labi rūpējas par zēnu, ka var iztikt bez tēva. Bet Isanai ir jāizpilda sava misija - pateikt jaunpienācējiem no citām pasaulēm, ka uz zemes valdīja nevis cilvēks, bet vaļi un koki. Cīņa baidās, ka Isana par viņiem ziņos policijai, bet visi pārējie pusaudži ir pārliecināti par Isanu un piedāvā viņam pievienoties viņiem.

Vīrietis, saukts Korotky, kuram jau ir četrdesmit gadu, lai viņš būtu vēl vecāks par Isanu, saka, ka trīsdesmit piecu gadu vecumā viņš pēkšņi sāka sarukt un joprojām sarūk. Patiešām, viņa ekstremitātes šķiet pārāk garas, salīdzinot ar pārāk īsu ķermeni. Viņš tika nosūtīts uz psihiatrisko slimnīcu, bet viņš no turienes aizbēga. Viņam nav vietas parasto cilvēku pasaulē, un pusaudžu sabiedrībā viņš jūtas normāli. Klausoties Isana argumentācijā par kokiem un vaļiem, pusaudži secina, ka viņam ir tas, kas viņiem pietrūkst: spēja izteikt savas domas vārdos. Viņi uzskata, ka viņa lieliskā vārda prasme viņiem var būt noderīga.

Isana saviem pusaudžiem atzīst grēkus: kad viņš bija vīramātes sekretārs, viņš atveda pie viņa zēnus, pamudinot viņa perversijas. Reiz viņi nejauši nogalināja zēnu, un kopš tā laika Isana nav zinājusi mieru. Būdams "vārdu speciālists", Isans sāk mācīties angļu valodu kopā ar pusaudžiem, izvēloties šo "Mobijs Diks" un "Dostojevskis" tulkojumā angļu valodā. Sākumā viņš baidās, ka vecā cilvēka Zosima sarunas pusaudžiem šķiet pārāk morāles, taču viņi klausās ar lielu interesi, un vārds “lūgšana” viņus burtiski aizrauj. Par Isana pārsteigumu pusaudži patiešām iemīlēja Džinu un baudīja nopietnas mūzikas klausīšanos. Isana dzīvo, sagaidot pasaules galu, un pusaudžus gaida Lielā zemestrīce - viņiem ir daudz kopīga.

Pusaudžus Brīvo jūrnieku savienībā piesaista pašaizsardzības spēku karavīrs - mīļais Inago. Viņi vēlas, lai viņš iemācītu viņiem rīkoties ar ieročiem. Isana lūdz sievu Naobi atrast vietu piekrastē, kur viņš un viņa draugi varētu dzīvot divas līdz trīs nedēļas. Naobi viņiem šādu vietu atrod Izu, bet tur Korotky izdara nodevību - viņš fotografē Brīvo jūrnieku savienības militārās mācības un pārdod fotogrāfijas nedēļā. Viņš vēlas piespiest pusaudžus viņu nogalināt, uzskatot, ka noziegums viņus apvienos un Brīvo jūrnieku savienību pārvērtīs par militāru organizāciju. Pusaudži organizē Korotky tiesas procesu, kura laikā viens no viņiem - Tamakichi - nejauši ievaino Korotky. Saprotot, ka Īsā brūce ir letāla, pusaudži nolemj viņu izpildīt. Katrs no viņiem met viņam akmeni. Isana un karavīrs stāv viens no otra. Karavīrs, satverot piekrautu ložmetēju un metot Inago, uzkāpj uz motocikla un aizbēg, pusaudži dzenas pakaļ. Viens no viņiem - Tamakiči - izmet granātu pie zvejas šonera. Šoneris iedegas, un aizdomas krīt uz karavīru. Karavīrs izdara pašnāvību. Inago kļūst par Iņas, Isanas, Dzini, Inago kundzi, kura atgriežas Tokijā, patvērumā. Tur viņus sagaida pusaudži: viņi iznīcina filmu studiju, viņiem nebija kur iet, un pēc loga izsitšanas viņi uzkāpa Isana patversmē.

Kinostudijas paviljonā notika tikai viena cīņa: viņš nekad nepiekrita pamest šoonu. Lai viņa nenokļūtu nepareizajās rokās, viņš to uzspridzina. Darbinieki, kas iznīcina filmu studiju, sita Boy. Tamakichi aizved mirstošo biedru uz Tokijas universitātes klīniku un atstāj viņu pasāžā. Pusaudži domā, ko darīt tālāk. Isana lūdz Naobi palīdzēt iegūt naudu kuģim, lai dotos burāt kopā ar pusaudžiem. Naobi sevi izvirzīja vēlēšanām, un Isana cer, ka viņai ir izdevīgāk, ja vīrs un dēls peldās jūrā, aizsargājot vaļus, nevis sēž atomu patvērumā. Naobi sola piedāvāt būvniecības uzņēmumam iegādāties pajumti un zemi no Isan - ieņēmumi būs pietiekami plānotajam uzņēmumam. Tikai gadījumā, ja pusaudži nodrošina pārtikas piegādi - ja viņi tiks ielenkti, viņi būs nepieciešami patversmē, bet, ja sagaidāms, ka viņi kuģos, viņi ņems tos sev līdzi. Lai neapdraudētu bērnu, pusaudži piedāvā Isanam un Džinam pamest patversmi, bet Isana vēlas informēt sievu, ka viņi un Džins ir ķīlnieki - tad viņa noteikti nodos viņu rīcībā kuģi. Policijas automašīnas ir redzamas no pajumtes loga. Ēku apņēma motorizēts pulks. Pusaudži šauj, policisti izšāva asaru gāzi. Viņi mudina aprobežotos padoties.

Tīņi gaida Isana sievas ierašanos. Naobi ierodas, taču apgalvo, ka pat sava bērna dzīvības vārdā viņa neslēgs darījumu ar noziedzniekiem. Pusaudži drosmīgi cīnās, bet vara nav viņu pusē, un viņi mirst pa vienam. Kļūst skaidrs, ka kuģis viņiem vairs nav vajadzīgs: viņi joprojām nevarēja doties burāt, jo navigators un radio operators tika nogalināti. Tamakiči plāno cīnīties līdz galam, taču viņš nevēlas, lai Brīvo jūrnieku savienība pazustu bez pēdām. Viņš aicina Takaki pamest un atdzīvināt viņu. Isana atkāpjas no speciālista amata atbilstoši Brīvo jūrnieku savienībai, tagad viņš ir pilnībā apņēmies pildīt vaļu un koku advokāta pienākumus. Takaki atzīst, ka viņa stāsts par vaļu koku ir izdomājums, bet Isana iebilst pret to, ka, tiklīdz viņš nevar aiziet uz Takaki mājām un par to pārliecināties, nekas neliedz viņam uzskatīt, ka vaļu koks pastāv. Takaki ar baltu karogu pamet patversmi, kam seko Inago ar Džinu rokās un ārsts (bijušais medicīnas institūta students). Kamēr viņi dodas uz automašīnu, policisti viņus sita.

Kad automašīna aizved tos, kas padevās, ugunsdzēsēju mašīna ar celtni tuvojas nojumei un sāk sagraut ēku. Patversmē palika tikai Isana un Tamakiti. Isana dodas lejā uz bunkuru. Liekot kājas uz zemes, viņš klausās filmu ar vaļu kliedzieniem. Ūdens izplūst no zemes kā strūklaka: izstarojot ugunsdzēsības mašīnu, tas noplūda zem pamatiem un aizsērēja vietā, kur bija caurums grīdā. Lūka vāks paceļas, dzirdami šāvieni. Isana atkāpjas. Ūdens paceļas augstāk un augstāk. Pievēršoties koku un vaļu dvēselēm, Isana viņiem sūta pēdējo piedošanu un mirst.