1865. gada marts. Pilsoņu kara laikā Amerikas Savienotajās Valstīs pieci daredevili ziemeļnieki bēga no gaisa balona no Ričmondas dienvidu puses. Briesmīga vētra četrus no viņiem izmet neapdzīvotas salas krastā dienvidu puslodē. Piektais vīrietis un viņa suns slēpjas jūrā pie krasta. Šis piektais - noteikts Kiress Smits, talantīgs inženieris un zinātnieks, ceļotāju grupas dvēsele un vadītājs - negribot vairākas dienas nemitīgi tur spriegumā savus pavadoņus, kuri nekur nevar atrast nedz viņu, nedz viņam veltīto suni Topu. Visvairāk cieš bijušais vergs, un Smita tagad lojālais kalps ir nēģeru nabs. Balonā bija arī kara žurnālists un Smita draugs Gideons Spilets, ļoti enerģisks un izlēmīgs cilvēks ar saistošu prātu; jūrnieks Pencrof, labsirdīgs un piedzīvojumiem bagāts uzdrīkstētājs; Piecpadsmit gadus vecais Harberts Brauns, kuģa kapteiņa dēls, uz kura kuģoja Penkrofs, palika bārenis un pret kuru jūrnieks izturas kā pret savu dēlu. Pēc nogurdinošās meklēšanas Nab beidzot atrod savu neizskaidrojami izglābto saimnieku, kas atrodas jūdžu attālumā no krasta. Katram no jaunajiem salas iemītniekiem ir neaizvietojami talanti, un Kiresa un Spileta vadībā šie drosmīgie cilvēki pulcējas un kļūst par saliedētu komandu. Pirmkārt, izmantojot vienkāršākos pieejamos līdzekļus, pēc tam ražojot arvien sarežģītākus darba un mājsaimniecības priekšmetus savās mazajās rūpnīcās, apmetnes iekārto savu dzīvi. Viņi medī, vāc ēdamus augus, austeres un pēc tam pat audzē mājas dzīvniekus un nodarbojas ar lauksaimniecību. Viņi noorganizē sev mājokli augstu klintī, alā, kas atbrīvota no ūdens. Drīz, pateicoties savam smagajam darbam un inteliģencei, kolonisti vairs nezina, ka vajadzīga pārtika, drēbes, siltums un komforts. Viņiem ir viss, izņemot ziņas par dzimteni, par kuru likteni viņi ļoti uztraucas.
Reiz, atgriezušies savā mājoklī, kuru viņi nodēvējuši par Granīta pili, viņi redz, ka pērtiķi iekšā mūk. Pēc kāda laika pēkšņi, it kā ārprātīgu baiļu iespaidā, sāk izlēkt no logiem, un kāds ar roku izmet virvju kāpnes, kuras pērtiķi pacēla mājā. Iekšpusē cilvēki atrod citu pērtiķi - orangutānu, kuru viņi patur un sauc par tēvoci Jupe. Nākotnē Jupe kļūst par draugu, kalpu un neaizstājamu cilvēku palīgu.
Citā dienā kolonisti smiltīs atrod kastīti ar instrumentiem, šaujamieročiem, dažādām ierīcēm, drēbēm, virtuves piederumiem un grāmatām angļu valodā. Izplatītājiem rodas jautājums, no kurienes varētu rasties šī kaste. No kartes, kas parādījās arī lodziņā, viņi secina, ka blakus viņu salai, kartē, kas nav atzīmēta, ir Taboras sala. Jūrnieks Pencrofs labprāt dodas pie viņa. Ar draugu palīdzību viņš uzbūvē robotu. Kad robots ir gatavs, visi kopā dodas izmēģinājuma braucienā pa salu. Tās laikā viņi atrod pudeli ar piezīmi, kurā teikts, ka nogrimušais vīrietis gaida glābiņu Taboras salā. Šis notikums stiprina Penkrofa pārliecību apmeklēt kaimiņu salu. Burājuši Pencrof, žurnālisti Gideons Spilets un Harberts. Ierodoties Taborā, viņi atklāj nelielu būdu, kurā pēc visām norādēm neviens ilgu laiku nedzīvo. Viņi izklīst pa salu, necerot redzēt dzīvu cilvēku, un mēģina atrast vismaz viņa mirstīgās atliekas. Pēkšņi viņi dzird Harberta kliedzienu un steidzas uz viņa palīdzību. Viņi redz, kā Harberts cīnās ar kādu pērtiķu audzētu radību. Tomēr pērtiķis izrādās savvaļas cilvēks. Ceļotāji viņu saista un pārvadā uz viņu salu. Viņi viņam piešķir atsevišķu istabu Granīta pilī. Pateicoties viņu uzmanībai un bažām, mežonis drīz pārvēršas par civilizētu cilvēku un stāsta viņiem savu stāstu. Izrādās, ka viņa vārds ir Ayrton, viņš ir bijušais noziedznieks, viņš vēlējās pārņemt buru kuģi Duncan un ar tādu pašu sabiedrības pūķu palīdzību viņš pārvērtās par pirātu kuģi. Tomēr viņa plāniem nebija lemts piepildīties, un kā sods pirms divpadsmit gadiem viņš tika atstāts neapdzīvotā Taboras salā, lai viņš saprastu savu rīcību un izpirktu par savu grēku. Tomēr "Duncan" īpašnieks Eduards Glenarvāns teica, ka kādreiz viņš atgriezīsies Ayrton. Apmetnes iedzīvotāji redz, ka Ajrtons sirsnīgi nožēlo savus pagātnes grēkus, un viņš visādā ziņā cenšas būt viņiem noderīgs. Tāpēc viņi nemēdz viņu tiesāt par iepriekš pieļautiem pārkāpumiem un labprāt pieņem viņu viņu sabiedrībā. Tomēr Ajrtonam ir vajadzīgs laiks, un tāpēc viņš lūdz iespēju dzīvot koraļļos, kurus kolonisti uzcēla saviem mājdzīvniekiem kaut kādā attālumā no Granīta pils.
Kad naktī naktī bots atgriezās vētrā no Taboras salas, to izglāba ugunskurs, kuru, pēc viņu domām, tos, kas uz tā kuģoja, sadedzināja viņu draugi. Tomēr izrādās, ka viņi tajā nebija iesaistīti. Izrādās arī, ka Ajrtons nav izmetis jūrā pudeli piezīmju. Izplatītāji nevar izskaidrot šos noslēpumainos notikumus. Viņi arvien vairāk tiecas pēc domām, ka, neskatoties uz viņiem, Linkolna salā, kad viņi viņu kristīja, ir kāds cits, viņu noslēpumainais labdaris, kurš bieži nāk pēc palīdzības vissarežģītākajās situācijās. Viņi pat sāk meklēšanas ekspedīciju, cerot atrast viņa dzīvesvietu. Tomēr meklēšana beidzas bez rezultātiem.
Nākamajā vasarā (kopš laika, kad Ayrton parādījās viņu salā, un pirms viņš viņiem pastāstīja savu stāstu, jau ir pagājuši pieci mēneši un vasara ir beigusies, un aukstajā sezonā ir bīstami kuģot), viņi nolemj atgriezties Taboras salas, lai būdiņā atstātu piezīmi. Piezīmē viņi plāno brīdināt kapteini Glenarvānu, ja viņš atgriezīsies, ka Ajrtons un pieci citi nogrimušie upuri gaida palīdzību kaimiņu salā.
Iedzīvotāji uz salas dzīvo jau trīs gadus. Viņu dzīve, ekonomika sasniedza labklājību. Viņi jau novāc bagātīgas kviešu kultūras, kas izaudzētas no viena graudiņa, kas pirms trim gadiem tika atrasts Harberta kabatā, uzcēla dzirnavas, izaudzēja mājputnus, pilnībā aprīkoja savu mājokli, no muflona vilnas sev izgatavoja jaunas siltas drēbes un segas. Tomēr viņu mierīgo dzīvi aizēno viens incidents, kas viņiem draud ar nāvi. Reiz, apskatot jūru, tālumā viņi redz labi aprīkotu kuģi, bet virs kuģa peld melns karogs. Kuģis noenkurojas piekrastē. Tas parāda skaistas tālsatiksmes pistoles. Ajrtons nakts laikā aizsegās kuģī, lai veiktu iepazīšanos. Izrādās, ka uz kuģa ir piecdesmit pirāti. Brīnumainā kārtā izslīdot no viņiem, Ajrtons atgriežas krastā un informē savus draugus, ka viņiem ir jāsagatavojas kaujai. Nākamajā rītā no kuģa nolaižas divas laivas. Pirmajā gadījumā apmetnes nošauj trīs, un viņa atgriežas, otrā nolaižas pludmalē, un seši atlikušie pirāti uz viņas slēpjas mežā. Lielgabali tiek sadedzināti no kuģa, un tas nonāk vēl tuvāk krastam. Liekas, ka nekas nav spēks izglābt sauju kolonistu. Pēkšņi zem kuģa paceļas milzīgs vilnis, un tas nogrimst. Visi pirāti, kas uz tā atrodas, mirst. Kā vēlāk izrādās, kuģi uzspridzināja mīna, un šis notikums beidzot pārliecina salas iedzīvotājus, ka viņi šeit nav vieni.
Sākumā viņi negrasās iznīcināt pirātus, gribot dot viņiem iespēju dzīvot mierīgu dzīvi. Bet izrādās, ka laupītāji to nespēj. Viņi sāk aplaupīt un dedzināt kolonistu mājsaimniecības. Ayrton dodas uz koraļļu, lai apmeklētu dzīvniekus. Pirāti viņu sagrābj un aizved uz alu, kur viņi vēlas viņu spīdzināt, lai piekristu doties uz viņu pusi ar spīdzināšanu. Ayrton nepadodas. Viņa draugi dodas viņam palīgā, bet ir smagi ievainoti Harberta koraļļos, un draugi paliek viņā, nespējot atgriezties kopā ar mirušo jaunieti. Pēc dažām dienām viņi joprojām dodas uz Granīta pili. Pārejas rezultātā Harbertam sākas ļaundabīgs drudzis, viņš ir miris. Kārtējo reizi viņu dzīvē iejaucas providence, un viņu labā noslēpumainā drauga roka izmet viņiem nepieciešamās zāles. Harberts pilnībā atveseļojas. Kolēģi plāno nodot pirātiem galīgo triecienu. Viņi dodas uz koraļļiem, kur ir nodoms tos atrast, bet atrod Ajrtonu, kurš ir izsmelts un tik tikko dzīvs, un tuvumā atrodas laupītāju līķi. Ayrton ziņo, ka viņš nezina, kā viņš nonāca koraļļos, kurš viņu iznesa no alas un nogalināja pirātus. Tomēr viņš ziņo par vienu skumju jaunumu. Pirms nedēļas bandīti devās jūrā, bet, nezinot, kā kontrolēt robotprogrammatūru, salauza to piekrastes rifos. Brauciens uz Taboru ir jāatliek līdz jauna transportlīdzekļa uzbūvei. Nākamo septiņu mēnešu laikā noslēpumainais svešinieks neliek sevi manīt. Tikmēr salā mostas vulkāns, kurš, pēc kolonistu domām, jau bija miris. Viņi būvē jaunu lielu kuģi, kuru nepieciešamības gadījumā varētu nogādāt apdzīvotā zemē.
Vienu vakaru, jau gatavojoties iet gulēt, Granīta pils iedzīvotāji dzird zvaniņu. Darbojas telegrāfs, kuru viņi pavadīja no koraļļa līdz mājām. Viņus steidzami iesauc koraļļos. Tur viņi atrod piezīmi, kurā lūdza iet pa papildu vadu. Kabelis ved viņus uz milzīgu grotu, kur, izbrīnā, viņi redz zemūdeni. Tajā viņi iepazīstas ar tā saimnieku un viņa patronu, kapteini Nemo, Indijas princi Dakkaru, kurš visu mūžu ir cīnījies par dzimtenes neatkarību. Viņš, jau sešdesmit gadus vecs vīrietis, kurš apglabāja visus savus domubiedrus, ir tuvu nāvei. Nemo dod jaunajiem draugiem zārku ar dārgakmeņiem un brīdina, ka vulkāna izvirduma laikā sala (tāda ir tās struktūra) eksplodēs. Viņš nomirst, kolonisti pagriež laivas lūkas un nolaiž to zem ūdens, un viņi jauno dienu nenogurstoši būvē visas dienas garumā. Tomēr viņiem nav laika to pabeigt. Salas eksplozijas laikā visa dzīvība iet bojā, no kuras okeānā paliek tikai mazs rifs. Apdzīvotājus, kuri nakti pavadīja teltī pludmalē, gaisa viļņi iemet jūrā. Viņi visi, izņemot Jupe, paliek dzīvi. Viņi vairāk nekā desmit dienas sēdēja uz rifa, gandrīz mira no bada un vairs neko necerēja. Pēkšņi viņi redz kuģi. Tas ir Duncan. Viņš glābj visus. Kā vēlāk izrādās, kapteinis Nemo, kamēr robots vēl bija neskarts, peldēja uz tā uz Taboru un atstāja piezīmi glābējiem.
Atgriezušies Amerikā par kapteiņa Nemo ziedotajām rotaslietām, draugi nopērk lielu zemes gabalu un dzīvo uz tā tāpat kā viņi dzīvoja Linkolna salā.