Turīgas vāveres "Nabadzība" mājā, kur viņš dzīvo kopā ar savu māsu Bridžitu, viņi izmet bērnu. Squire, kurš pirms vairākiem gadiem zaudēja sievu un bērnus, nolemj audzināt bērnu kā savu dēlu. Drīz viņam izdodas atrast dibinātāja māti, nabadzīgo ciema sievieti Dženiju Džounsu. Olverti neizdodas no viņas iemācīties zēna tēva vārdu, taču, tā kā Dženija nožēlo savu rīcību, ķēniņš lietu nenodod tiesai, bet tikai izraida Dženiju no dzimtajām vietām, iepriekš viņai aizdodot lielu summu. Alverti turpina meklēt bērna tēvu. Viņa aizdomas krīt uz ciemata skolotāju Partridžu, no kura Dženija ilgu laiku veica latīņu valodas stundas. Pēc nabadzības uzstājības lieta tiek nodota tiesai. Skolotāja sieva, kura jau ilgus gadus ir greizsirdīga par viņu Dženiju, apsūdz vīru visos mirstīgajos grēkos, un neviens nešaubās, ka skolotājs ir zēna tēvs. Lai arī pats Partridžs noliedz savu saikni ar Dženiju, viņš tiek atzīts par vainīgu, un Nabadzība viņu izraida no ciema.
Squire māsa Bridžeta apprecas ar kapteini Blythe, un viņiem ir dēls. Toms Džounss, kubiciņš, kurš uzvarēja Nabadzības mīlestībā, tiek audzināts ar jauno Blythe, bet mantkārīgais un skaudīgais kapteinis, baidoties, ka Nabadzības laime nonāks kubā, ienīst viņu, ar jebkādiem līdzekļiem cenšoties apmelot zēnu sava nosauktā tēva acīs. Pēc kāda laika kapteinis pēkšņi nomirst, un Bridžeta kļūst par atraitni. Tomu jau no agras bērnības neatšķir priekšzīmīga izturēšanās. Atšķirībā no Belifila - pēc savaldības, dievbijības un rūpības gadiem - Toms studijās neizrāda dedzību un viņa ļaundarība pastāvīgi traucē Nabadzībai un Bridžeitai. Neskatoties uz to, visi mājā mīl jaunekli par laipnību un atsaucību. Belifils nekad nepiedalās Toma spēlēs, taču nosoda viņa viltības un nepalaiž garām iespēju ziņot par nepiemērotu laiku. Bet Toms nekad par viņu nedusmojas un sirsnīgi mīl Blyfilu kā brāli.
Kopš bērnības Toms ir bijis draugs ar Sofiju, no kaimiņienes nabadzības meitu, bagāto Rietumu vāveru. Viņi daudz laika pavada kopā un kļūst par nešķiramiem draugiem.
Jauno vīriešu audzināšanai Alverti uz māju aicina teologu Takomu un filozofu Squire, kuri saviem studentiem izvirza vienu prasību: viņiem bez pārdomām jāapgūst savas stundas un viņiem nav jābūt savam viedoklim. Jau no pirmajām dienām Blīfils iekaro viņu līdzjūtību, jo viņš rūpīgi iegaumē visus viņu norādījumus. Bet Toms nav ieinteresēts atkārtot kopīgās patiesības pēc augstprātīgajiem un augstprātīgajiem pasniedzējiem, un viņš atrod citas aktivitātes sev.
Toms visu savu brīvo laiku pavada ubaga sarga namā, kura ģimene badojas. Jaunietis, cik vien iespējams, cenšas palīdzēt nelaimīgajiem, atdodot viņiem visu savu kabatas naudu. Uzzinājis, ka Toms pārdevis savu Bībeli un zirgu, ko viņam uzdāvinājis Nabadzība, un atdevis naudu sardzes ģimenei, Blīfils un abi skolotāji dusmās dusmojas uz jauno vīrieti, uzskatot, ka viņa akts ir rājiena vērts, savukārt nabadzību aizkustina viņa mīļotā laipnība. Ir vēl viens iemesls, kas Tomam liek tik daudz laika pavadīt sardzes ģimenē: viņš ir iemīlējis Molliju, vienu no savām meitām. Bezrūpīga un vieglprātīga meitene nekavējoties uzņemas draudzību, un drīz viņas ģimene uzzina, ka Mollija ir stāvoklī. Šī ziņa tiek nekavējoties izplatīta visā novadā. Sophia Western, kura jau sen ir mīlējusi Tomu, ir izmisusi. Viņš, pieradis viņā redzēt tikai savas bērnības spēļu draudzeni, tikai tagad pamana, kā viņa uzziedēja. Nezinādams sevi, Toms arvien vairāk pieķerjas meitenei, un laika gaitā šī pieķeršanās pārtapa mīlestībā. Toms ir dziļi nelaimīgs, jo saprot, ka viņam tagad ir pienākums apprecēties ar Molliju. Tomēr viss notiek negaidīti: Toms aizķer Molliju sava skolotāja, filozofa Squire rokās. Pēc kāda laika Toms uzzina, ka Mollija nemaz nav stāvoklī no viņa, un tāpēc uzskata sevi par brīvu no jebkādām saistībām pret viņu.
Tikmēr Squire Nabadzība ir smagi slima. Jūtot, ka tuvojas beigas, viņš dod pēdējos rīkojumus attiecībā uz mantojumu. Tikai Toms vienatnē, aizrautīgi mīlot savu nosaukto tēvu, nav nesavienojams, bet visi pārējie, ieskaitot Blyfilu, uztraucas tikai par savu daļu mantojumā. Mājā ierodas kurjers un atnes ziņojumu, ka Bridžeta Alverti, kura vairākas dienas bija prom no muižas, pēkšņi nomira. Līdz tās pašas dienas vakaram vāverīte kļūst vieglāka un viņš skaidri atjaunojas. Toms ir tik laimīgs, ka pat Bridžitas nāve nevar aizēnot viņa prieku. Gribēdams svinēt nosauktā tēva atveseļošanos, viņš piedzeras dzērumā, kas izraisa citu nosodījumu.
Squire Western vēlas apprecēt savu meitu ar Blyfilu. Viņam tas šķiet ārkārtīgi izdevīgi, jo Blīfils ir lielākās daļas Nabadzības laimes mantinieks. Pat neinteresē viņa meitas viedoklis. Rietumi steidzas saņemt piekrišanu laulībai no Alverti. Kāzu diena jau ir noteikta, bet Sofija tēvam negaidīti paziņo viņam, ka viņš nekad nekļūs par Bīfila sievu. Dusmīgs tēvs viņu aizslēdz istabā, cerot, ka viņa mainīs savas domas.
Šajā laikā Biļfils, kurš slepeni ienīda Tomu kopš bērnības, jo baidījās, ka lielākā daļa mantojuma nonāks kubiciņā, nobriest mānīgs plāns. Sabiezinot to, viņš stāsta vāverim par Toma nepareizu izturēšanos tajā pašā dienā, kad Nabadzība bija tuvu nāvei. Tā kā visi kalpi bija padomātā Toma savvaļas jautrības aculiecinieki, Blyfīlam izdodas pārliecināt vāveru, ka Toms ir priecīgs par gaidāmo nāvi un ka viņš drīz kļūs par ievērojamas laimes īpašnieku. Ticot Blyfilu, dusmīgs vāveris izdzina Tomu no mājas.
Toms raksta Sofijai atvadu vēstuli, saprotot, ka, neraugoties uz aizrautīgo mīlestību pret viņu, tagad, kad viņš ir lemts klejošanai un ubagīgai dzīvei, viņam nav tiesību paļauties uz viņas atrašanās vietu un lūgt viņas roku. Toms atstāj muižu, plānojot doties pie jūrniekiem. Sofija, izmisusi lūgdama savu tēvu, lai viņa neprecētos ar ienīsto Blyfilu, aizbēg no mājām.
Vietējā provinces viesnīcā Toms nejauši satiek Partridžu, to pašu skolotāju, kuru Nabadzība reiz nosūtīja no sava ciema, uzskatot viņu par kuba tēvu. Partridžs pārliecina jaunieti, ka viņš cieta nevainīgi, un lūdz atļauju pavadīt Tomu viņa klejojumos.
Ceļā uz Uptonas pilsētu Toms no izvarotāja rokām izglābj sievieti, noteiktu kundzi Votersu. Pilsētas viesnīcā Mrs Waters, kurš tūlīt patika izskatīgajam Tomam, viņu viegli pavedina.
Šajā laikā Sofija, kas devās uz Londonu, cerot atrast patvērumu pie sena viņu ģimenes drauga, arī apstājās Eptonas viesnīcā un ar prieku uzzināja, ka Toms ir viesu vidū. Tomēr, uzklausījusi, ka viņš ir viņu krāpis, dusmīga meitene kā zīmi, ka viņa zina visu par sava mīļāko izturēšanos, atstāj piedurkni savā istabā un atstāj Uptonu asarās. Ar laimīgu sakritību tajā pašā viesnīcā uzturējās arī Sofijas brālēns Ficpatrikijas kundze, kura bija aizbēgusi no sava vīra, ķebļa un spitālīga vīrieša. Viņa aicina Sofiju paslēpties no saviem vajātājiem. Patiesībā tūlīt pēc bēgļu aizbēgšanas viesnīcā ierodas dusmīgais Sofijas tēvs un Ficpatrika kungs.
No rīta Toms saprot, kāpēc Sofija nevēlējās viņu redzēt, un izmisumā atstāj viesnīcu, cerot panākt viņas mīļoto un saņemt viņas piedošanu.
Sofija atrod lēdiju Belellastonu Londonā. Viņa sirsnīgi sveic meiteni un, uzklausījusi viņas bēdīgo stāstu, apsola viņai palīdzību.
Toms un Partridžs drīz ieradīsies arī Londonā. Tomam pēc ilgiem meklējumiem izdodas uzbrukt sava mīļāko pēdām, bet viņas brālēns un lēdija Belellastona liedz viņam tikties ar Sofiju. Lēdijai Bellastonai ir savi iemesli: neskatoties uz to, ka viņa ir piemērota Toma mātei, viņa kaislīgi iemīlas viņā un mēģina savaldzināt jauno vīrieti. Toms uzmin, ko dāma no viņa vēlas, bet tomēr viņš neatsakās tikties ar viņu un pat pieņem naudu un dāvanas no viņas, jo viņam nav izvēles: pirmkārt, viņš cer uzzināt, kur atrodas Sofija, un, otrkārt, Viņam nav iztikas līdzekļu. Tomēr attiecībās ar lēdiju Bellastonu Tomam izdodas saglabāt savu attālumu. Visbeidzot, Toms nejauši satiek savu mīļoto, bet viņa, izdzirdējusi mūžīgās mīlestības un uzticības apliecinājumus, noraida Tomu, jo viņa nevar viņam piedot nodevību. Toms ir izmisumā.
Mājā, kur Toms un Partridža īrē istabu, dzīvo Nightingale kungs, ar kuru Toms uzreiz kļuva par draugiem. Lakstīgala un Nensija - viņu saimnieces Milleres kundzes meita mīl viena otru. Toms uzzina no drauga, ka Nensija ir stāvoklī no viņa. Lakstīgala nevar viņu apprecēt, jo viņa baidās no sava tēva, kurš viņam ir atradis bagātu līgavu un, vēloties uzņemties viņa pūru, uzstāj uz tūlītējām kāzām. Lakstīgala paklausa liktenim un slepeni aizbrauc prom no Milleres kundzes, atstājot Nansi vēstuli, kurā viņai izskaidroti viņas pazušanas iemesli. Toms no Milleres kundzes uzzina, ka viņas Nansija, kas kaislīgi mīl lakstīgalu, saņemot viņa atvadu vēstuli, jau mēģināja pieķerties sev. Toms dodas pie sava vieglprātīgā drauga tēva un paziņo viņam, ka viņš jau ir precējies ar Nensiju. Nightingale Sr atkāpjas no neizbēgamības, un Millere un viņas meita steigā gatavojas kāzām. Kopš šī brīža Nensija un viņas māte Tomu uzskata par savu glābēju.
Lēdija Bellastona, neprātīgi iemīlējusies Tomā, pastāvīgi prasa no viņa randiņus. Saprotot, cik daudz viņš ir viņai parādā. Toms nespēj viņai atteikt. Bet viņas uzmākšanās viņam drīz kļuva nepanesama. Foundling piedāvā savam draugam gudru plānu: viņam ir jāraksta viņai vēstule ar laulības piedāvājumu. Tā kā lēdija Bellastona ņem vērā pasaules viedokli un neuzdrošinās precēties ar vīrieti, kurš ir pusgada vecāks, viņa būs spiesta atteikt Tomu, un viņam, to izmantojot, būs tiesības pārtraukt visas attiecības ar viņu. Plāns izdodas, bet dusmīgā dāma nolemj atriebties Tomam.
Par Sofiju, kas joprojām dzīvo viņas mājā, tiesājas turīgais lords Fellamārs. Viņš viņai piedāvā, bet saņem atteikumu. Viltīgā kundze Bellaston paskaidro kungam, ka meitene ir iemīlējusies nabadzīgā negodā; ja kungam izdosies atbrīvoties no sāncenša, Sofijas sirds būs brīva.
Toms apmeklē Ficpatrika kundzi, lai runātu ar viņu par Sofiju. Pametot viņas māju, viņš sastapa savu vīru. Saniknotais greizsirdīgais, kurš beidzot uzbruka bēgļa takai un uzzināja, kur viņa dzīvo, ņem jauno vīrieti par savu mīļāko un apvaino viņu. Toms ir spiests pievilkt zobenu un pieņemt izaicinājumu. Kad Ficpatriks nokrīt, caurdurts Toma zobens, viņus pēkšņi ieskauj desmitiem labu domubiedru grupa. Viņi satver Tomu, nodod konstatālu, un viņš nonāk cietumā. Izrādās, ka Fellamārs nosūtīja vairākus jūrniekus un lika viņiem pieņemt darbā Tomu uz kuģa, darot viņiem zināmu, ka viņš vēlas no viņa atbrīvoties, un viņi, aizķēruši Tomu cīņas laikā, kad viņš ievainoja pretinieku, nolēma Tomu vienkārši nodot policijai.
Sofijas tēvs Rietumu kungs ierodas Londonā. Viņš atrod savu meitu un paziņo viņai, ka līdz brīdim, kad ieradīsies Nabadzība un Blīfils, meitene atradīsies mājas arestā un gaidīs kāzas. Lēdija Belellastona, nolemjot atriebties Tomam, parāda Sofijai savu vēstuli ar laulības piedāvājumu. Drīz meitene uzzina, ka Toms tiek apsūdzēts slepkavībā un atrodas cietumā. Nabadzība ierodas kopā ar savu brāļadēlu un apstājas pie Milleres kundzes. Olverti ir viņas ilggadējs labdaris, viņš vienmēr palīdzēja nabadzīgajai sievietei, kad nomira viņas vīrs un viņa palika bez līdzekļiem ar diviem maziem bērniem rokās. Uzzinājusi, ka Toms ir pieņemtais vāveres dēls, Millere stāsta viņam par jaunekļa muižniecību. Bet Alverti joprojām tic neslavas celšanai, un viņam veltītās uzslavas viņu neskar.
Lakstīgala, Millere un Partridža bieži apmeklē Tomu cietumā. Drīz pie viņa ieradās tā pati Votersa kundze, kuras gadījuma rakstura sakari izraisīja nesaskaņas ar Sofiju. Pēc Toma aiziešanas no Eltona, Votersa tur satikās ar Ficpatriku, kļuva par viņa kundzi un aizgāja kopā ar viņu. Uzzinot no Ficpatrika par neseno tikšanos ar Tomu, viņa steidzās apmeklēt nelaimīgo ieslodzīto. Toms ir atvieglots, uzzinot, ka Ficpatriks ir drošs un drošs. Partridžs, kurš ieradās arī pie Toma, stāsta viņam, ka sieviete, kura sevi dēvē par Votersas kundzi, patiesībā ir Dženija Džounsa, Toma māte. Toms ir šausmās: viņš grēkoja ar savu māti. Partridžs, kurš nekad nezināja, kā turēt muti ciet, par to stāsta Nabadzībai, un viņš nekavējoties viņai piezvana. Iepazīstinot ar savu bijušo meistaru un uzzinot no viņa, ka Toms ir tas pats bērniņš, kuru viņa iemeta vāveres mājā, Dženija beidzot nolemj pastāstīt Alverti par visu, ko viņa zina. Izrādās, ka ne viņa, ne Partridža nav iesaistītas bērna piedzimšanā. Toma tēvs ir Nabadzības drauga dēls, kurš savulaik gadu dzīvoja vāveres mājā un nomira no bakām, un viņa māte nav nekas cits kā vāveres māsa Bridžeta. Baidoties nosodīt savu brāli, Bridžeta paslēpa no viņa, ka viņa ir dzemdējusi bērnu, un par lielu samaksu pārliecināja Dženiju iemest zēnu viņu mājā. Vecais Nabadzības kalps, izdzirdējis, ka vāvere ir uzzinājis visu patiesību, atzīstas īpašniekam, ka Bridžita uz viņas nāves gultas atklāja savu noslēpumu un uzrakstīja vēstuli brālim, kuru viņš pasniedza Bīfila kungam, jo nabadzība tajā brīdī bija bezsamaņā. Tikai tagad Nabadzība domā par Bīlifa nodevību, kurš, vēloties izmantot ķīviņa stāvokli, paslēpa no viņa, ka viņš un Toms ir brāļi un māsas. Nabadzība drīz saņem vēstuli no bijušā zēnu skolotāja, filozofa Squire. Tajā viņš pasaka vāverim, ka guļ netālu no nāves, un uzskata par savu pienākumu viņam pateikt visu patiesību. Skūpsts, kurš nekad nav mīlējis Tomu, sirsnīgi nožēlo grēkus: viņš zināja, ka Blyfils apmelo Tomu, bet tā vietā, lai pakļautu Blyfilu, viņš izvēlējās klusēt. Alverti uzzina, ka viens Toms bija nemierināms, kad vāvere atradās starp dzīvību un nāvi, un iemesls tik jaunam vīrieša nesavaldīgam priekam bija tikai nosauktā tēva atveseļošanās.
Uzzinājis visu patiesību par savu brāļadēlu, Alverti sirsnīgi nožēlo visu, kas notika, un nolād nepateicīgo Blyfilu. Tā Fitzpatrick nav jāmaksā Tom ar visiem maksājumiem, viņš tiek atbrīvots no cietuma. Alverti atvainojas Tomam, bet dižciltīgais Toms vaino skvēru par neko.
Lakstīgala stāsta Sofijai, ka Toms negrasījās precēties ar lēdiju Belellastonu, jo tieši viņš, lakstīgala, mudināja Tomu uzrakstīt viņai redzēto vēstuli. Toms nāk pie Sofijas un atkal prasa viņas roku. Squire Western, uzzinot par Alverti nodomu padarīt Tomu par viņa mantinieku, labprāt dod piekrišanu viņu laulībai. Pēc kāzām mīļotāji dodas uz ciematu un dzīvo laimīgi prom no pilsētas burzmas.